Федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике» создано в соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 28 октября 1996 г. № 148 «О специально уполномоченном государственном органе в области мелиорации земель в Карачаево-Черкесской Республике» как Комитет Карачаево-Черкесской Республики по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению, реорганизовано приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 21 мая 2002 года № 506 «О федеральном государственном учреждении «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике» путем присоединения к нему федеральных государственных учреждений: «Адыге-Хабльское управление оросительных систем и сельскохозяйственных водопроводов», «Прикубанское управление эксплуатации оросительных систем и сельскохозяйственных водопроводов» и государственных учреждений: «Карачаево-Черкесское управление эксплуатации оросительных систем», «Дирекция строящихся мелиоративных систем и водохозяйственных объектов» в федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике», является правопреемником по обязательствам реорганизованных юридических лиц, указанных выше; переименовано приказом Минсельхоза России от 17 мая 2011 года № 126 «О переименовании ФГУ в ФГБУ» в федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике».
Функции и полномочия учредителя Учреждения осуществляет Министерство сельского хозяйства Российской Федерации. Координацию деятельности Учреждения осуществляет уполномоченный в установленном порядке департамент Минсельхоза России.
Учреждение осуществляет свою деятельность на территории Российской Федерации и взаимодействует с федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации и местного самоуправления, общественными объединениями, иными организациями и гражданами.
Учреждение имеет филиалы:
1. Адыге-Хабльский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
2. Зеленчукский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
3. Карачаевский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
4. Черкесский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
5. Прикубанский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
6. Усть-Джегутинский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике»;
7. Хабезский филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Карачаево-Черкесской Республике».